1. Допустим, прогнали мы весь товар в наличии. А в базе имеются некие "остатки", которых фактически нет.
Каков в таком случае, алгоритм выявления несоответсвий?

2. Есть какой-то механизм, учета и обработки результатов нескольких документов "инвентаризация"? Ну, т.е. в рамках одной процедуры инвентаризации, заполняется несколько документов. А потом все это хозяйство, разом "принять к сведению".

Сейчас, я вижу, что документы последовательно проводятся и "делают свое дело". Т.е. если в документе №1 товра Х на учете 2шт. а мы в тот момент находим 1шт. То происходит корректировка количества -1. И по учету становится 1 шт. (правильно я понимаю?).
Потом, в документе №2, допустим мы находим ещё одну шт. товара Х, но в учете остается 1шт... По моему так, если не напутал.

в вашем случае каждый документ инвентаризации делает 2 компенсирующих при необходимости. Это для списания и оприходования.
Делаете вы всё правильно и алгоритм расписали верно.
А вот собрать в "кучу" можно реестром или отчетом. НО удалить те 2-4-6-8 документов и сделать один из них нельзя.
Я так понимаю что вы делаете по группам. Тогда пишите в комментарии документа названия этих групп. У меня например (закуска-Заморозка-сигареты-пиво).

РЕШЕНО:
17.3. ДОКУМЕНТ "ИНВЕНТАРИЗАЦИЯ" - СВЕРТКА ДОКУМЕНТОВ из НЕСКОЛЬКИХ - в ИТОГЕ ОДНА