Есть несколько направлений деятельности в разрезе одной компании, одно направление допустим строительные товары - склад 1, второй цветы - склад 2. Удобно кооперировать все данные в единой базе. Можно сделать возможность выбора папки номенклатуры для склада, чтобы она открывалась по умолчанию при работе с документами?

в чем удобство ? на остатка : 1000 кирпичей и немного цветов россыпью и в букетах ?

если правильно (по умному и удобству работы)
ведем на КАЖДОЕ НАПРАВЛЕНИЕ - отдельную базу

а вот потом по запросу можно создать КОНСОЛИДИРОВАННУЮ БАЗУ
где в настройках указать ПУТЬ к базам
и добавить НУЖНЫЕ ОТЧЕТЫ и ОБРАБОТКИ
суть такая - это база подключается к указанным базам и забирает НУЖНУЮ ВАМ информацию.