В порядке развития проекта!

Как правило, "порядок" требуется после подгрузки номенклатуры в папку "служебные". Есть конечно вариант, заморачиваться с указанием "родителя", но это ИМХО, лишние телодвижения и вероятность путаницы.
В стандартном варианте, работать не горазд кошерно.
Если речь о добавлении "прыг-скоком" новой номенклатуры и разноске по группам, то скорость процесса увеличивается в несколько раз, если:
1. При запуске обработки, открывать по умолчанию папку источник "служебные".
2. После переноса части товаров по назначению, оставлять папку источник какой был, без лишних вопросов и выборов и обновлять таблицу.
В общем, я се так сделал, и людЯм рекомендую.

Так же, весьма полезен множественный выбор в таблице, шоб сразу пачками выделять с шифтом. Если наименований десятки, а то и сотни, то ставить галочки врукопашку поштучно, это тоже на кошерно. Как вариант, групповая "галка" не на все, а на выделенное.