Запускаем в режиме Конфигуратор
если видим - синий бочонок
нажимаем на нее и со всем соглашаемся
должно стать вот так
когда ПБ поступает файл обмена - он может быть из двух частей (обновление и данные измененные)
сначала ПБ загружает обновление (логично, если мы добавили новый справочник - ее в ПБ не было - куда загружать данные ?)
сохраняет конфигурацию и потом повторно !!!! загружает файл обмена - те. два раза
иногда - конфигурация не успела сохраниться и вы ее запускаете в работу.
по этому потом и получаете сообщение , что конфигурация не обновлена
там очень серьезный механизм : по сути три конфигурации - поставщика, текущая, и измененная
Так что исправляйте и продолжайте работу , ничего страшного не случилось.
Все ваши данные в сохранности 1