Доброе время! Сформировал 1000 карт а они оказались не бонусные, а дисконтные.

чтобы карты формировались БОНУСНЫМИ при создании - нужно включить БОНУСНУЮ СИСТЕМУ



Чтобы сделать карту бонусной нужно в каждую зайти в администрирование и ставить галочку бонусная?

да именно так.

Или через редактор можно как то начислить бонусов и автоматом они станут все бонусные?

Зачем ? И каких бонусов вы хотите начислить , кому и за что ?

Можно массово исправить , через групповую обработку Справочников и Документов
(только пожалуйста - потренируйтесь на копии базы, чтобы понимать - что и для чего делаете)