все правильно для этого уже есть Отборы (табличной части, формы списка)
по кнопке меню "Установить отбор" или правой кнопкой контекстное меню
чтобы увидеть все расхождения - для колонки "Разница" выберем "не равно" 0
результат отбора
чтобы увидеть все недостачу - для колонки "Разница" выберем "меньше" 0
результат - недостача
также на меню доступна кнопка "Отключить отбор"
первоначальный вид документ.
Важно понимать . При отборе сам документ не меняется (лишние строки просто скрываются)