Сделали приход товара в пустой склад. В двух отчетах разные показатели. Из за чего такое может быть?

Сбросьте настройки отчётов. Какую то ерунду они у вас показывают.

На первом 5 миллионов на втором 68 тысяч
Что вы за отбора и настройки сделали?
Смотрите историю движения товара

Истории движения товаров нет. На пустой склад был сделан приход. В одном отчете 86071 ед. товара, в другом 68503. Настройки отчетов скинуты. Выбран только склад.

История движения должна быть.товар же не из воздуха появился.
Найдите расхождение и посмотрите движение документа.что в остатка номенклатуры показывает

Расхождение идет в приходной накладной. Видимо один отчет видит какие то позиции (наименование), а другой отчет.нет. Пока сказать сложно в чем дело, т.к. в накладной их очень много (500) наименований. Разбираемся.

тоже так было, у Вас как результат? Мы разбили приход на части и всё прокатило...