Делаем отчет комиссионера - несколько позиций не хватает.
Делаем Отчет по продажам - позиции есть.
В журнале чеков все ок.
В приходной накладной галочка "Товар на комиссии" стоит.

В чем может быть проблема?

Релиз конфигурации не указан.
Каких позиций не хватает ? Почему они должны быть там ?
История движения товара - смотрите, историю движения документа
Скорее всего изменили историю документов
Попробуйте перепровести документы.

Релиз 144.
Весь товар на комиссии, и если его продали он должен быть в отчетах комиссионера - я так думаю.