Отчет "Остатки на комиссии" показывает усредненную учетную стоимость товара, а должна быть исходная цена по приходнику.

" а должна быть исходная цена по приходнику" - не должна !
Именно так и был заказан отчет - остатки комиссионного товара у вас на складе

" а должна быть исходная цена по приходнику" -а вот там по каждому контрагенту, в разрезе прихода и расхода.

так это получается надо новый отчет делать?