Подскажите, в центральной базе отсутствуют отчёты о розничных продажах за некоторые дни,

то что какие то данные отсутствуют в одной из баз это плохо. Нужно восстановить синхронизация.
(достаточно перепровести документы за выбранный период и сделать обмен)

Влияет ли это на правильное формирование отчётов Остатки по складам и продажи сотрудников.

нет. документ "Отчет о розничных продажах" в MAGAZKA - никакой нагрузки, кроме как для обмена данными
с ДРУГИМИ учетными программами - не несет.

Если они вам не нужны, то отключите их в настройках





Как восстановить всю историю отчётов о розничных продажах (то бишь z-отчетов)?





Заранее благодарен, Александр