Добрый день.
Вопрос 1: В быстром или полнотекстовом поиске возможно отключить поиск в папке Мусорка?

проверим
а, пока - в полномочиях пользователя поставьте галочку "Запрет Продажи Из "Мусорки"

Вопрос 2: При подборе товара в документ есть аналоги и там уровни (уровень 1, 2 и 3). Возможно эти уровни отключить или зафиксировать постоянно на уровне 3?

добавим настройку

Просто что бы все из позиций перебивались друг на друга. Смысл этих уровней не ясен. Возможна такая доработка за доп.плату?