При импорте накладной (Прыг-Скок) если цена одного и тогоже товара не совпадает, она меняется на новую, не смотря какая она больше или меньше преидущей.

Два раза прочитал, но не понял.
Это вопрос или констатация факта ?

Вопрос: как сделать чтобы пользователь узнал об этом и принял решение: оставить старую или новую цену?

в ПРЫГ-СКОК никак - это ЗАГРУЗЧИК ДАННЫХ, а не анализатор.
он не затирает , он создает новую цену . Вот после загрузки и делать анализ изменения цен
Как то так