Партионный учет не ведется.
Поэтому, изменения будут касаться всех элементов справочника, которые были затронуты.
Иными словами, программа работает правильно, с точки зрения общего учета (тут недавно темка была, про FIFO,LIFO и среднее в учете.)
Почитайте, многое станет понятным.
Штрих код внутренний останется одинаковым , если не создавать новое субконто(новую позицию, с новой ценой)
Что мне приходит на ум, это отменить документ прихода, откатиться на старую цену, распечатать ценники со штрихкодом и датой цены, обвешать те виды , что были в наличии до прихода.
Затем, со спокойной душой и совестью, совершить приход и оставшиеся позиции также промаркировать ценниками.
При реализации просто ручками подправлять цену в соответствии с тем, что было на ценнике.