Для MAGAZKA и MAGAZKA (NS) одна платформа
1С:Предприятие 8.2 (и выше)
MAGAZKA - больше ориентирована на магазины одежды и обуви
(в документах , отчетах, есть отдельное поле (реквизит) РАЗМЕР
MAGAZKA (NS) - на одноразмерный товар (автомагазин, хоз.товара, товары для дома, все по 35, продуктовый ларек и.т.д)
в основной массе по структуре , интерфейсу, настройкам - почти идентичны.
Раньше МАГАЗЬКА 7.7 было все в одном (в зависимости от настроек) тут было принято решение разделить для удобства.
на Главной странице об этом подробно написано.