При проведении приходной накладной на вторую фирму все товары накладной из групп переносятся в корень группы номенклатуры второй фирмы(группа товара для [Моя Вторя фирма]).
Это работает только для товара которого не было на остатках. Если остаток был больше 0, то он остается в группе где и был.
Ошибочка наверно.

Нет это не ошибочка ! Так была поставлена задача автором этого модуля.
Априори не может быть одинаковый товар у "этих двух фирм"

Я понимаю, что не может быть одинакового товара у двух фирм.
Проблема в том, что товар перемещается из вложенной группы в корень группы {Группа товара для второй фирмы}.
Если остаток товара до проведения приходной накладной больше нуля, то не перемещается.