Имеется ооо и ип. Касса одна. Товары поступили на основные склады,.Далее перемещены на склады магазина. При продаже товарный чек выдаёт один общий. Где ошибся?

А что он должен по Вашему выдавать?.касса = 1 юр.лицо

Не так выразился. В данном случае имелось ввиду рабочее место. В плане налогового и бух учёта понятно что все операции будут раздельными.
Но и товар имеющийся только у одного юр. лица он наверное не должен сажать в чек другого юр лица?
При вводе товара создать док-т от другой организации или сообщить о такой необходимости..

В идеале было бы если продавец подаёт заказанный товар не обращая внимание на его принадлежность к организаии. Т. е при сканировании продавец видит окно "Новый чек (создание)" где товар сразу обеих организаций.. Далее оплата где указана также общая сумма. Но клиент получает два чека, фискальный от ООО и нефискальный от ИП.
Со складом не могу понять как должно быть. Физически это один склад и продавец несёт материальную ответственность за весь товар, по документам перемещения ООО и ИП.

Поскольку у меня подобная ситуация (одно рабочее место - два ИП ) попробую почетче сформулировать то, что хотел сказать ник.
Начнем пожалуй со склада. То что он физически один - это "личное дело", юридически предприятия разные и склады в MAGAZKA должны быть разные. Создать несколько Фирм со своими Складами можно было еще в Магазька 7.7, думаю в MAGAZKA так-же.
Что нужно:
1. Иметь возможность подключить к MAGAZKA несколько (по числу предприятий, но хотя бы два ) ФР и/или ЧПМ (кому что надо).
2. Привязать к каждой фирме(складу/ам) свое печатающее устройство (ПУ).
3. ник:То есть, При вводе в чек (или при проведении чека (?) товаров/услуг находящихся на разных складах, разных ЮЛ MAGAZKA должна... а вот тут самое интересное:
вариант а) самый интересный - просто печатает на одном ПУ одни товары на другом другие - разделяет чек на несколько (по числу предприятий).
вариант б) разделяет чеки на этапе ввода товара (т.е. если следующий товар другого ЮЛ - открываем новый чек/а если есть открытый добавляем).
вариант в) сообщает о необходимости разделить чеки вручную.
вариант г) (по букве уже понятно какой ) - открывать чек в режиме подбора для конкретного ЮЛ - товары/услуги другого - недоступны, а затем аналогично следующего.
Соответственно в конце смены Z- отчетов будет по числу ПУ.
Можно такое реализовать? Ну в самом деле, не ставить же рядом два компютера.