Каждый раз при открытии справочника товаров (Только первый раз, с утра) приходится сначала поставить галку "Раскраска списка", а потом её снять, что-бы раскраски не было.

Снимите
в настройках пользователя

Спасибо, понял где копать.
В отчетах раскраска все-же нужна для выделения отрицательных остатков. а в справочнике изменил.

Эта галочка на отчеты не распространяется - там по умолчанию стоит "Выделять отрицательное красным"