Если вносить затраты (например - "Транспортные расходы") в:
Документ--Приходная накладная -- Доп. расходы -- Транспортные расходы,
то они не появляются в отчете "Прочие затраты организации".

в этом случае - увеличивается себестоимость товара на указанные затраты

А если затраты заносить как:
Документ -- Расходы и доходы -- Транспортные расходы,
то в отчете всё есть.

в этом случае - товар отдельно, расходы и доходы отдельно

Так и должно быть?

как нужно - выбирать вам. Оба случая имеют право на жизнь

Как правильно учитывать прочие расходы?
P.S. В справочнике статья "Транспортные расходы" занесена как "Вид расхода".