К примеру шли продажи определенных товаров, захотелось объединить все в 1 товар. Если поставить пометку на удаление то объекты в принципе не удалятся, потому как будут ссылки на чеки, единицы измерения и т.д. Как тогда вообще правильно это сделать, чтобы прошлые продажи были в отчетах?

Вопрос сам не правильно задан.

Для чего вам это нужно, чтобы было ? или что то посерьезнее ?
(скиньте не нужную номенклатуру в отдельную папку)

Продавали Ламборджини и Мазерати, а потом вдруг решили - переименовать их в другой товар (Автомобиль !!!)
штатно не получится, но можно написать специализированную обработку - где выделить не нужный товар и заменить на нужный товар
("пробежаться по документами и изменить) - но это плохой вариант.

Другой вариант сделать светрку базы - выгрузить остатки (забыть про историю) и загрузить в новую базу (начать торговлю "с чистого листа"

Про обработку интересный вариант. Вот простой пример что я имел ввиду. Есть 5 видов орехов, по одной цене, шли по ним продажи, хочется объединить все орехи в 1 позицию, соответственно предыдущие 5 удалить, но видимо не судьба, просто в перспективе можно таким образом замусорить базу (номенклатуру).
Выгрузить остатки и забыть про историю, жестко, не мой вариант однозначно.

У меня было такое, продавал жидкости для эл. сигарет, было много видов производителя, разные цены, потом сделал все по одной цене, какие-то списал, потом завел, те которые списал к другим (изменил наименование, стало одно) через приход с той ценой что была.
Ну и те позиции что списал висят с нулевым остатком, как бы мешают при составлении заказов.......
Ну простой вариант создать папку мусорка, помоему она создается при установке конфигурации, и скидать туда все что мешает в номенклатуре, я так хочу сделать в новом году, новый год старая база, но почищена номенклатура

ffeeeff пишет: Я точно так же делал раньше, придеться продолжать, единственное не перемещал в мусорку. Кстати, а есть настройка запрета продажи любой номенклатуры, был бы неплохой вариант?

Перемещать в мусорку можно в любой удобный момент.
А для чего Вам запрет продажи любой номенклатуры?

JenyaBo пишет: Чтобы продавец не продавал товара которого нет. Но это кажись можно решить путем контроля отрицательных остатков.

TrinePrime пишет:
Если товар,которого нет на остатках предполагается еще закупаться,то да,здесь поможет контроль отрицательных остатков.
А если товар не предполагается закупаться,то помечайте на удаление и товар с этим кодом никак в чек не попадет

JenyaBo пишет: Пометка на удаления не решает проблему. Товар все также добавляется и продается.