Еще одна мелочь...
При обновлении долгое время ни чего не происходило,

потому , что "бардак" в базе и программа самостоятельно не смогла принять решение

сделал ручной режим и в списке с кнопками "принять" "отменить" было много пунктов с галочками,

вот это нормально - таблица показывает ВСЕ измененные объекты - это все штатно и так всегда при обновлении

а в одном из них "номер справочника не уникален",

а вот из - за этого и не произошло ОБНОВЛЕНИЕ В АВТОМАТИЧЕСКОМ режиме
у вас образовалось два элемента справочника с ОДИНОКОВЫМ КОДОМ !!!
и программа не знает , что с этим делать

например у вас тапочки с кодом 000001212 по цене 200 руб. и Шуба норковая 0000001212 по цене 180 000 руб.
объеденить в одно ??? неправильно , без вашего ведома добавить дубль ? а если вы по коду товара работаете ?
а код товара должен быть уникальным. Так что решать вам

в итоге : у вас образовалось два элемента справочника с ОДИНАКОВЫМ КОДОМ !!!

я нажимал принять и все ок!
В будущем это грозит проблемой?

я не знаю, что для вас означает слово "проблема"
но пока не исправите ситуацию (у одного товара нужно изменить код)
про автоматическое обновление - забудьте